Můj syn se zadrhává s přestávkami už dva roky (má diagnostikovanou incipientní - tj.počáteční koktavost), chodíme k logopedce a byli jsme i u psycholožky. V našem případě má k tomu pravděpodobně dědičné předpoklady a reaguje na každou změnu. Pokud u vás problém trvá jen chvíli, určitě si přečti článek od docentky Peutelschmiedové: http://www.stripky.cz/385-koktavost.html
Určitě o tom promluv s vaší logopedkou, měla by vám dát instrukce, jak s ním mluvit. Popros učitelku v MŠ, aby si syna víc všímala a zkusila zjistit nějakou souvislost...
Hlavně nedávejte najevo, že se něco děje (ani neverbálně), mluvte na něj pomalu, zklidněte režim apod.