Tak hypotéky poskytují (alespoň v ČR) výhradně banky jako nestátní podnikatelské subjekty, a jak drahé je poskytují, je zcela jejich věc a jejich riziko. A je jejich věc, jestli považují za riskantnější (a tedy dražší) hypotéky na nemovitosti, ve kterých dlužník nebydlí. Obvykle to tak asi není. Záleží prostě na příjmech dlužníka a hodnotě zastavené nemovitosti.
Tvoje připomínka by dávala smysl v případě nějaké státní podpory hypoték, ta by bydlením mohla být podmíněna, u nás to jsou myslím odpočty zaplacených úroků z daní (resp. asi základu daně) a tam to, tuším bydlením podmíněno je.
Nějaké větší zdanění neobydlených domů/bytů (bez ohledu na to, jestli byly koupeny na půjčku nebo zaplaceny "hotově") asi teoreticky v úvahu připadá, ale to je prostě politická věc a s hypotékami fakt nesouvisí.