MRI a CT nejsou volně zaměnitelné metody, každá z nich lépe zobrazuje určitý typ struktur. MRI např. není vhodná k zobrazení mozkového krvácení, nebo k zobrazení kostních struktur, na to je lepší CT. MRI je zas vhodnější pro zobrazení drobných změn měkké tkáně.

Mimoto může být problém, že CT trvá pár minut, kdežto MRI desítky minut, tj. pokud je potřebná anestezie, musí být pro MRI několikanásobně delší.

V některých případech jsou použitelné obě metody rovnocenně, ale někde může být problém s čekací dobou na MRI (v ČR jich není tolik), takže pokud vyšetření nemůže počkat několik měsíců, používá se CT.