25. února 1950 byl Josef Toufar v kritickém zdravotním stavu způsobeným mučením převezen do pražského státního sanatoria, kde vzápětí zemřel.

Do úmrtního listu musel lékař na příkaz StB zapsat, že příčinou smrti byl žaludeční vřed.

V roce 1968 se při vyšetřování smrti P. Toufara vyjádřil MUDr. František Mauer takto: „Při operaci Josefa Toufara jsem tehdy asistoval. Dělali jsme všechno, co bylo v lidských silách, ale toho člověka nebylo možno zachránit. Byl neobyčejně surovým způsobem utlučen k smrti. Řekl bych – jasná vražda!“.

Josef Toufar je pohřben v hromadném hrobě v Praze-Ďáblicích pod falešným jménem J. Zouhar.
Příbuzným byla jeho smrt oznámena až po čtyřech letech!!!

Vedoucí vyšetřovatelského týmu, který Toufara umučil k smrti, Ladislav Mácha, byl zpočátku potrestán jen stranickou důtkou (spíše za neúspěch než za samotnou smrt vězně).
V roce 1968 byl soudem osvobozen, protože se mu nepodařilo prokázat přímo vraždu a zneužití pravomocí bylo podle tehdejších zákonů promlčeno. V roce 1998 byl odsouzen k pěti letům odnětí svobody nepodmíněně (nepodařilo se prokázat přímou souvislost mezi mučením a smrtí, přestože byla podle expertů vysoce pravděpodobná, ani úmyslné pozdní poskytnutí pomoci). V roce 1999 odvolací soud změnil trest na dva roky. Trest ale ze zdravotních důvodů nenastoupil.