Prezident může nepodepsat, proto v zákoně není výslovně uvedeno, že musí. Je poslední instancí. Protože je ale instancí opravdu poslední, a velice pravděpodobně nemá ani zdaleka takový vhled do habilitačního řízení jako jeho přímí účastníci, musí být důvod, pro který nepodepíše, opravdu závažný.

Habilitace se týká jen a jen odbornosti daného člověka a ne jeho dalších vlastností ani činností. Buď tedy Putna nesplnil některé formální podmínky (citovanost, publikace apod.), nebo jeho navržení nevyhovuje odborným kritériím.

K prvnímu: přicházelo by v úvahu nejspíš asi jen záměrné falšování předložených údajů, což není vyloučené - ale také ne příliš pravděpodobné, protože se to opakovaně ověřuje.

K druhému: vzhledem ke způsobu hodnocení, které má za cíl co nejvíce vyloučit blízké vazby, lze předpokládat, že jde například o podezření z plagiátorství (i v minulých dílech) - pokud se plagiát udělá šikovně, nemusí ho často poznat ani odborník. Není to pravděpodobné, ale ani vyloučené.

Pokud má prezident podezření podobného typu, tedy podezření, že nebylo vyhověno podmínkám habilitačního řízení, měl by to bez odkladu zmínit univerzitě i dotyčnému, nemusí veřejně, ale důvody by sdělit měl. A pokud měl informace vylučující jmenování k dispozici dřív, měl je sdělit neprodleně,
má-li nějakou úctu k univerzitě - mohl je dostat na poslední chvíli, ale také nemusel.