Impulsem k objevení prvního principu homeopatie, a sice, že podobné léčí podobné, byla pro Hahnemanna domněnka jiného lékaře a chemika té doby, Dr. William Cullena, že chinin, který se získával z kůry chinovníku (Cinchony) a používal se jako lék na malárii, má schopnost léčit malárii díky své hořkosti. Hahnemann toto vysvětlení nepovažoval za správné a sám na sobě vyzkoušel malé dávky čistého chininu, přestože byl zdravý a malárii neměl. Objevily se u něj všechny charakteristické příznaky malárie - malátnost, únava, tlukot srdce, puls se zrychlil, cítil úzkost a třes, bušení ve spáncích, zrudly mu tváře, otupění mysli a určitá ztuhlost všech končetin, ale především nepříjemný pocit znecitlivění v celém těle. Tyto záchvaty trvaly pokaždé několik hodin a znovu se objevily po podání další dávky. Experimentátor si vlastně přivodil příznaky malárie, aniž by se ovšem malárií nakazil. Když přestal lék brát, vše skončilo a cítil se zcela zdráv.
Z této zkušenosti Hahnemann vyvodil závěr a také základní homeopatickou poučku, že po podání chininu (homeopatický název je China) se u zdravého člověka objevují příznaky malárie, tedy symptomy nemoci (symptom = jakákoli změna ve funkci organismu na mentální, emocionální nebo fyzické úrovni; obvykle souvisí s nějakou nemocí nebo formou stresu), která se tímto lékem léčí. Z toho důvodu je tedy chinin na malárii účinný. Tento objev měl zásadní význam pro rozvoj homeopatické teorie i praxe. Hahnemann vyjádřil tento princip větou similia similibus curentur, tedy že "podobné léčí podobné". Princip se stal prvním zákonem systému léčení, který Hahnemann nazval "homeopatie" - z řeckého homoios (podobný) a pathos (utrpení či nemoc). Chtěl tímto tento systém odlišit od klasické medicíny, kde se symptomy léčí lékem, který má opačný účinek - je vzhledem k danému symptomu protichůdný. Například zácpa se léčí projímadly, které vyvolávají průjem. Hahnemann proto nazýval klasickou medicínu "alopatie", což znamená "opačná nemoc".
Na základě výsledků svého pokusu Hahnemann tedy mohl sledovat, jaké symptomy vyvolá látka u zdravého člověka, a tím zjistil, jaký stav se pomocí této látky dá léčit. Pokusem s chininem Hahnemann objevil také základní myšlenku homeopatického postupu zkoušky léku, na základě které bylo dále možno systematicky získávat mnohem přesnější a specifické informace o jednotlivých substancích. Tento postup se nazývá "proving" (tj. testování, zkouška) léku.
Během následujících let provedl Hahnemann řadu provingů na svých příbuzných a kamarádech a také studoval, jaký soubor symptomů vykazují oběti při náhodných otravách. Nakonec znovu začal působit jako lékař, ale předepisoval na zcela odlišném základě. Používal materiály, které nashromáždil při provádění provingů a u svých pacientů hledal lék založený na provingu, jehož soubor symptomů, které vyvolává (obraz léku), se nejblíže shodoval s projevy nemoci pacienta. Jeho kolegové tuto metodu neuznávali a dělali si z ní legraci (stejně jako někteří současní vědci a lékaři), ale pacientů měl čím dál více a výborné výsledky, kterých dosahoval, jeho teorii potvrdily. Od ostatních lékařů se také lišil tím, že nikdy nepodával více léků současně.