Neziskovky jsou často financovány ze státních peněz a standardy kontroly účetnictví jsou mnohem nižší než ve firmách, které mají odvádět daně. Prakticky se nedá nezávisle zkontrolovat jak se ty peníze používají. Navíc se prokazatelně mnohé neziskovky používaly k politickým účelům, jako zářný mezinárodní příklad National Endowment for Democracy, z českých neziskovek se asi nejčastěji mluví o Člověku v Tísni.