Všechny uvedené klinické jednotky jsou zánětlivé procesy. Čili jde o odlišnou odpověď imunitního systému, zaměřenou proti vlastním buňkám (jde vlastně o autoimunitu). Může být spuštěna každým antigenem, jak "přirozeným", tak z očkování. To ovšem žádný odborník nerozporuje. Podstatou je ovšem genetické pozadí jedince, ne "závadnost" vakcín. Některé patogeny jsou navíc neurotropní (tj. napadají nervový systém) a součástí onemocnění je vždy zánět mozku a mozkových blan, byť nemusí být příznaky výrazně vyjádřené. To je případ zarděnek, spalniček i příušnic (můj otec na spalničkovou encefalitidu málem zemřel, dodnes má trvalé následky).
Autismus je naproti tomu vývojová porucha bez jakéhokoliv zánětlivého pozadí. Jsou již známé i asociované geny, patofyziologické změny mozku a existují zvířecí modely. PAS s očkováním vůbec nesouvisí.
Populární názor na vznik autismu po očkování vzniká několika způsoby: a) dítě je autista, očkování má pouze časovou koincidenci, kdy se dítě více socializuje a rodiče potřebují najít viníka, protože oni by přece postižené dítě nezplodili, b) nejde o autismus, ale celková reakce a zátěž zpomalí vývoj, což udělá i jakákoliv jiná nemoc či stres (kamarádky osmnáctiměsíční syn se takto vrátil ve vývoji o půl roku zpět, když řešili jeho nesnášenlivost lepku a diagnózu, a dodnes, za dva roky striktní bezlepkové diety, to nedohnal).